绝密档案2的核心方法围绕解谜和战略配合展开，玩家需通过观察场景细节、收集决定因素道具以及破解密码推进剧情。游戏地图包含多个交互区域，如医院走廊、实验室和密室，部分区域需要触发机关或完成特定操作才能进入。压力板机制是解谜的重要环节，例如在某个房间需利用手枪投掷压住压力板，同时人物踩踏另一块才能开始出口。

武器和道具的运用直接影响通关效率。手枪除作战外可作为解谜工具投掷；闪光弹能致盲敌人创新突破时机；手榴弹则适用于清理聚集的敌人。部分道具如钥匙或密码器需从场景隐藏位置获取，例如厕所手提包内也许藏有相机等决定因素物品。柜子需点击开始，而被钉住的门需寻找特定方法解除障碍。

复杂途径如暗道或通风管可作为迂回路线，但需警惕埋伏；决定因素区域如炸弹点或人质房通常为争夺焦点，提议提前部署防守或侦查。团队协作时，应明确分工并保持语音沟通，例如分配队员分别负责拆弹、狙击掩护或道具收集。个人玩法下则需更注重潜行和资源管理，避免无谓消耗。

部分密码如1203需结合场景线索推断；时刻机制房间需快速反应，例如在限量秒数内完成压力板操作。相机带回特定区域触发剧情，或同时激活多个机关开始隐藏通道。通关后可根据完成度解开不同大结局，部分大结局需达成隐藏条件，如全程未被敌人发现或零杀伤通关。