S级忍者往往是玩家们追求的核心战力，他们通常拥有远超A级或B级忍者的基础属性和技能效果。很多新人在组建阵型时都会优先思考这些极致忍者，由于他们的输出能力和团队影响在多数方法中都特别突出。对于想快速提高的玩家来说，优先获取和培养S级忍者是明智的选择，这些人物在决斗场或副本中都能带来显著的尝试提高。

S级忍者的强度会受到版本影响，但一些人物凭借稳定的机制长期占据优势地位。宇智波佐助在当前多个版本中表现抢眼，他具备极高的爆发伤害和先手优势，能在战斗开始时为敌人附加易伤情形，并对这类目标造成额外伤害。佐助的速度属性会直接增强攻击力，配合开场提高攻击、速度和暴击率的效果，使他成为团队中可靠的核心输出。

自来也同样是备受推崇的S级忍者，尤其适合以灼烧效果为核心的队伍组合。他的火遁技能可以给全体敌人附加灼烧情形，当受到灼烧目标攻击时会自动反击，而且灼烧层数越高，自来也的防御力也会相应增强。在被动技能的加持下，他还能在敌人处于灼烧时获取可观的生活回复，显著提高了队伍的持续作战能力。

雷影以其卓越的单体爆发伤害在S级忍者中独树一帜。他的技能倍率特别惊人，且带有多段随机暴伤机制，能够有效针对敌方后排的脆弱单位。大蛇丸在S级忍者中以其特殊的控制和复活机制受到关注。他的技能可以为敌人附加各种咒印效果，扰乱对方的节拍并创新更多输出机会。这些特性使他在需要打乱的战斗场合中发挥出特殊的价格。S级忍者红的综合评价很高，她的技能虽然普攻不算突出，但在多个主角阵型中都有很强的适用性。通过忍者积分或活动主题兑换，玩家可以逐步积累她的碎片。