通关水淹档案室，核心任务是利用场景中的希腊火罐，依次炸毁支撑大型雕像的三处基座，使雕像倒塌形成通路，从而逃离这个危险的区域。你需要找到并进入被淹没的档案室，这个区域是主线任务的一部分，通常在你获取了亚特兰蒂斯地图之后，从地热山谷西北侧山脊上的观测站附近进入，有时也许需要用爆炸物炸开挡路的木门。进入后，你会穿过狭窄的走廊，在尽头引爆火罐开辟道路，来到壹个大厅，这里你可以找到阿特拉斯地图，但也会立刻遭遇重甲兵敌人的攻击，利用场景中散布的希腊火罐可以有效地化解他们。清理完敌人后，继续前进会经过一段充满硫磺雾气的危险水道，最终抵达档案室的核心解谜区域。

第一处爆破点最为直接，在雕像附近就能找到两个希腊火罐，直接STG引爆即可。接下来需要处理第二处支座，你需要游泳到水池对岸，找到壹个可以拉开的闸门，用弓箭拉开后会释放出漂浮的希腊火罐。第壹个罐子用于炸开河道中的障碍物。放出第二个罐子后，当它漂过第一处障碍时，迅速用套索箭将它和岸边的木桩连接起来，以此改变罐子的漂流路线，使其通过障碍缝隙漂给支座，靠近后开枪引爆。

第三处爆破点涉及壹个天平机关，你需要在闸门处放出火罐，接着STG机关一端的摇臂将其拉到面前，用弓箭将火罐和摇臂绑定，使天平倾斜，接着用同样方式在另一侧摇臂也绑上火罐以恢复平衡，最后转动机关，绑有火罐的摇臂会转给对岸并将罐子运送过去，滚落炸毁最后壹个支座。

成功炸毁三处支座后，雕像会倒塌，形成新的前进道路。继续前进，你会获取壹个无限潜水呼吸器，之后便可以无限制地潜水。在逃离档案室的最后阶段，你需要躲避不死军团的追杀，这段路程需要快速奔跑和攀爬，不能有丝毫迟疑，否则容易被敌人的火焰箭射中，同时要注意远离途中的油桶避免被炸。你需要攀爬墙壁，通过栈桥，用钩斧荡过断口，穿过燃烧的墙洞，最终沿着一条陡斜的水道滑下去，落入山腹的水潭中爬到岸边，才算成功逃脱。